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吉安市特殊教育学校的助学金申请流程一般包括以下步骤：

1. 学生提交申请及相关证明材料。

2. 学校审核申请材料。

3. 审核通过后，学校将名单上报教育主管部门。

4. 教育主管部门审批。

5. 审批通过后，学校发放助学金。

助学金发放时间通常根据教育主管部门的审批时间和学校工作安排确定，一般在学期末或学期初发放，确保学生能及时收到资助。具体发放时间可咨询学校教务处。