萍乡市武功山中等专业学校在处理学生违纪行为时，首先会进行调查核实，了解学生违纪的具体情况。然后依据学校纪律和法律法规，进行公正公平的处罚。处罚方式可能包括警告、记过、留校察看、开除学籍等。同时，学校也会重视与学生的沟通和引导，帮助他们认识到错误并改正。学校致力于营造一个良好的教育环境，让学生健康成长。如有任何违纪行为，学校都会严肃处理，确保教育教学的正常进行。